Durante su vida participó, en mayor o menor medida, en todo lo que se
hizo durante el reinado de los Reyes Católicos y contribuyó de forma
decisiva a la configuración del nuevo Estado. Reformó la vida religiosa,
que había caído en una gran relajación moral y una variedad
intelectual. Supo ver que toda renovación empezaba por la educación y,
sin ser un erudito, fundó en Alcalá de Henares una de las instituciones que más ha influido en la cultura española: la Universidad Cisneriana.La universidad fue fundada en el año 1499 a partir del antiguo Studium Generale de Alcalá de Henares, del que Cisneros fue alumno. La Universidad de Alcalá fue la primera universidad renacentista, humanista y universal. Cisneros fue consciente de la transcendencia de su fundación y no escatimó esfuerzos para dotar a su Colegio del marco urbanístico adecuado, de una buena financiación y de los mejores maestros de la época, por lo que la villa de Alcalá de Henares se vio enormemente beneficiada con ello. La primera piedra del edificio que lo albergaría la puso Cisneros el 14 de marzo de 1501; en 1508 comenzaron las clases y en 1510 dotó a su fundación de unas Constituciones. Cisneros dotó a la nueva Universidad de Alcalá con una magnífica biblioteca, donde un elevado porcentaje de libros versaba sobre ciencias naturales.
Además sustituyó el deteriorado templo medieval de San Justo por un bello edificio gótico. Se trata de la Iglesia Magistral de Alcalá de Henares (actualmente Catedral Magistral) situada en pleno centro de la ciudad, en la que se encontraba su sepultura. No obstante, el sepulcro, obra de Domenico Fancelli, se halla hoy día en la capilla de San Ildefonso, adscrita al antiguo Colegio Mayor del mismo nombre.
